El tráfico de pasajeros se desviará por el paso siempre que sea posible, mientras que los vehículos pesados (>3,5 toneladas) se detendrán 30 minutos antes del cierre del túnel en las entradas norte y sur.

Cada año, el Túnel de San Gotardo se cierra en marzo/abril (1 semana), junio (2 semanas) y septiembre/octubre (3-4 semanas) durante 26 noches.

Los cierres nocturnos tienen como objetivo principal realizar trabajos en el espacio de tráfico: limpieza de las paredes del túnel, sistemas de iluminación, nichos de SOS, canales de ventilación y otras instalaciones. Se realizan reparaciones estructurales menores cuando es necesario, y también se llevan a cabo trabajos de mantenimiento en los sistemas operativos y de seguridad, durante los cuales se evalúa el estado de estos equipos.