O tráfego de passageiros será desviado pelo passo sempre que possível, enquanto os veículos pesados (>3,5 toneladas) serão parados 30 minutos antes do fechamento do túnel nas entradas norte e sul.

Todos os anos, o Túnel de São Gotardo é fechado em março/abril (1 semana), junho (2 semanas) e setembro/outubro (3-4 semanas) por 26 noites.

Os fechamentos noturnos visam principalmente a realização de trabalhos no espaço de tráfego: limpeza das paredes do túnel, sistemas de iluminação, nichos de SOS, canais de ventilação e outras instalações. Reparos estruturais menores são realizados quando necessário, e trabalhos de manutenção nos sistemas operacionais e de segurança também são realizados, durante os quais a condição desses equipamentos é avaliada.